裝備有制冷CCD的高性能顯微CT系統與臨床CT以及其他顯微CT系統的原理基本上是一致的，因此，其組成部分也是具有一致性的。其中就包括：

X 射線源。與其他顯微CT一樣，其使用的也是X 線球管，球管帶有透射型的靶，這與臨床的反射型靶有著一定的區別，臨床使用的X 線球管的聚焦光點約300μm， 而一般顯微CT 的聚焦光點為1~10μm，此高性能顯微CT系統的聚焦光點更是到了13~20μm。透射性靶具有聚焦光點小、分辨率高的優勢，但其對熱的耐受能力差。不過，隨著新材料化學霧化噴鎢鉆石的使用，以其具有良好的導熱性彌補了其耐受能力差的劣勢。

標本載物臺。一般要想獲得三維物體圖像的話，在檢測過程中是需要物體以旋轉的狀態來進行的。這里就存在了兩種方式，一種是標本旋轉，另一種是載物臺旋轉。標本旋轉的載物臺設計和制作比較容易，但在探視過程中，需要將動物沿身體長軸立起來，而且還要保證標本在旋轉時，不能產生移動，對標本固定要求很高。而對于載物臺旋轉，動物就可以爬臥在載物臺上，相對來說，標本的固定比較容易。

制冷CCD探測器。對于整個顯微CT系統來看，制冷CCD探測器是最為重要以及核心的組成部分，其像素大小對最后的分辨率有著重要的影響。制冷CCD探測器具有很高的光子效率，不產生幾何變形，對一定范圍的掃描能量具有線性和一致性反應。該探測器利用線掃描模式，加快了讀取時間。而且，制冷技術的加盟，大大降低了噪聲對成像造成的影響。

機械控制及圖像處理系統。機械控制系統主要是控制X 射線源、載物臺或者是探測器的相對運動，而圖像處理系統，就是對所獲取圖像進行的一系列的加工、整理、運算等步驟。例如可以用來圖像重建，圖像重建是指根據場景的投影數據獲取場景中物質分布信息的過程。CT圖象重建有四種基本的算法矩陣法,迭代法,傅立葉算法,反投影算法。

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