從4月27日起，日本東京區的50個加油站開始試銷混合了生物乙醇的汽油。這對日本這樣一個石油幾乎百分之百依賴進口的能源消費大國來說，意義非常重大。但由于日本政府和石油業界在乙醇混合方式上的對立，以及生物乙醇產能有限、原料作物不足等問題，日本距離普及生物燃油還有很長的路要走。 
　　今年2月，日本政府發表報告，計劃2030年前使年度生物燃油的消費量占汽油消費總量的比例達到10％，即60億升。近期目標是，2008年把提供生物燃油的加油站增加到100個，2010年推廣到全國各地。 
　　但要實現上述目標，還面臨諸多問題。問題之一是日本政府和石油業界在乙醇混入汽油的方式上存在對立。4月27日開始試銷的生物燃油采用的是將一種稱為乙基叔丁基醚（ＥＴＢＥ）的生物燃油添加劑混入汽油的方式，這種方式首先令生物乙醇和異丁烯發生化學反應制得ＥＴＢＥ，再將ＥＴＢＥ混入汽油作為汽車燃料。而日本環境省則倡導世界主流的將生物乙醇直接與汽油混合的方式。 
　　問題之二是日本生物乙醇生產能力有限。目前日本國內還不具備大批量生產生物乙醇的能力。此次試銷的生物燃油所用ＥＴＢＥ從法國進口。在試銷階段，生物燃油的售價和普通汽油一樣，差價由政府財政補貼，試點加油站的設備改造費用也由政府承擔，僅此兩項費用合計近30億日元。 
　　問題之三是生物乙醇的生產技術有待改進。目前世界上普遍用玉米( 1676,14,0.84%)生產生物乙醇，但是產出效率比較低。即使技術最先進的工廠用100千克玉米也只能生產出約45升乙醇，而且在生產乙醇和栽培玉米等原料作物過程中消耗的能量相當于所產乙醇產生能量的80％，同時也會排放二氧化碳。因此，日本正在開發以廢木材為原料生產生物乙醇的實用技術，但前景如何目前還不能斷言。 
　　問題之四是生物乙醇原料作物來源問題。日本如要批量生產生物乙醇，則無論用小麥(1800,7,0.39%)、大米、玉米、甘蔗、廢木材等哪一種為原料，原料不足都將成為問題。美國是玉米生產大國，以玉米為原料年產生物乙醇150億升。巴西是甘蔗生產大國，以甘蔗為原料年產生物乙醇167億升。兩個國家生產的生物乙醇都僅夠本國使用。而日本的糧食自給率僅為40％，小麥、玉米、甘蔗產量都很低，大米主要用于食用，廢木材相對豐富，但僅靠廢木材生產生物乙醇恐怕也難以為繼，要達到日本政府設定的生物燃油普及率，只能依靠進口玉米、甘蔗等原材料。 
　　日本國內相關專家指出，過度使用生物燃料必將打破世界玉米、甘蔗市場的供求平衡，給人類的生產、生活和生存環境帶來負面影響。玉米需求增加，必將刺激美國為提高玉米產量而進一步擴大轉基因玉米的種植面積，從而使日本食品和飲料生產廠商所追求的非轉基因原料難以得到保障，進而影響日本國民的生活。甘蔗需求增加同樣會刺激南美和東南亞等地區開墾熱帶雨林以增加甘蔗的種植面積，從而使熱帶雨林遭受侵害，對全球環境產生無法彌補的影響。