2009年是全球積極應對金融和經濟危機的一年。在通過了4萬億的政府投資后，又針對醫療體制改革這一民生問題，我國啟動了3年高達8 500億元的投資計劃。2009年三季度開始，醫藥行業在甲流、基本藥物目錄公布、資產重組三方面因素的聯合推動下，醫藥板塊連續跑贏大盤24.7個百分點，11月16日醫藥指數順利突破前期最高點，成為自大盤下跌以來最先收復失地的行業。

　　在新醫改背景下，醫藥商業行業整合、集中提升是必然趨勢，央企加速重組必將推動我國整體產業結構格局的改變，未來醫藥商業擴張和企業并購將雙雙推動行業重組迅速演化。

　　以國藥集團和上藥集團為先鋒的醫藥重組大幕已經拉開，在上海市國有資產的優化布局以及建設國際金融中心的戰略部署下，上藥集團、上實集團重組實質性進展亦將于2010年度見分曉。

　　同時，中生集團和上海醫藥工業研究院（下稱醫工院）注入國藥集團預期強烈。2009年9月16日，國藥集團與中生集團聯合重組，使得中國生物技術集團整體上市浮出水面。目前中生集團旗下上市公司天壇生物發布公告稱，公司重組已經獲證監會批準，公司更名為中國生物技術股份有限公司，尋求整體上市。有專家認為，未來國藥集團可能以天壇生物為整合平臺，將中生集團資產注入，打造以疫苗和血制品為核心業務的生物制藥航母。

　　此外，有消息認為國藥集團還可能收購醫工院，并以現代制藥為平臺在化學藥領域拓展。由此，機構將目光轉向了現代制藥重組。在央企重組大趨勢下，現代制藥作為上海醫工院惟一的上市平臺，面臨新的機遇。2009年，現代藥物制劑工程研究中心將持有的現代制藥4.67%股權，在二級市場上減持至3.475%。而醫工院方面稱擬內部協議受讓制劑中心持有的現代制藥全部股份，受讓價格為7.8元/股。據悉，是次受讓完成后，醫工院持有公司股份的比例將由38.145%增至41.62%，絕對控股現代制藥。

　　有業界人士指出，在醫工院并入國藥集團，國藥控股香港上市、中生集團注入整合完畢后，國藥集團旗下將擁有國藥控股、國藥股份、一致藥業、天壇生物和現代制藥5家上市公司，成為不可撼動的巨型央企醫藥集團。

　　另一方面，仍存在較大不確定性的是北藥集團和華潤系醫藥資產重組。華潤醫藥資產主要來源于重組央企華源集團、三九集團醫藥資源，直接或間接控股三九醫藥、東阿阿膠、雙鶴藥業、萬東醫療等多家醫藥上市公司。北京醫藥集團不僅持有上市公司雙鶴藥業48.89%的股權以及萬東醫療51.51%的股份，還持有北京賽科藥業、北京紫竹藥業、北醫股份、中國醫藥研究中心、北京萬東醫療裝備公司、本元正陽基因技術、遼寧華源本溪制藥、雙鶴高科天然藥物等公司。有專家認為，待北藥集團控制權明晰，合并重組才會逐漸展開。

　　還有業內人士認為，上海國資委將旗下醫藥資產整合完畢后，北藥集團也有可能上演類似整合路徑，即地方國資委強勢介入，華潤喪失控制權。當然也不排除華潤進一步增持，并獲得控制權的可能性。但是，只要是北藥集團的控制權得到明確，那么旗下多家公司發展都有望獲得大股東更多的支持，接下來的整合重組也將是順理成章的事了。

　　另外，華魯集團旗下的新華制藥和魯抗醫藥、太極集團旗下的太極集團、西南藥業和桐君閣，以及華立集團旗下的華立藥業、昆明制藥，都存在資產整合的要求。