12月25日下午，中國科協書記處書記宋南平主持召開會議，就落實中國科協與科技部《會商紀要》的工作情況，聽取有關部門、事業單位的匯報，研究下一步將要溝通與落實的相關工作。機關有關部門、事業單位負責人和聯系人參加了會議。
2006年1月27日，中國科協副主席、書記處第一書記鄧楠率隊與科技部部長徐冠華等領導同志就有關工作進行了溝通。中國科協與科技部聯合下發了《會商紀要》文件，雙方議定了六項主要內容：一是科技部繼續發揮科普聯系會議牽頭部門的作用，推動科普事業發展；二是科技部與中國科協聯合發文，加強協調，推動基層科技工作和科普事業的發展；三是聯合開展對科技工作者基本狀況調查，更好地為宣傳科技工作和科技工作者服務；四是在國家有關科技計劃中，加大力度支持與科普相關的數字科技館、科普展品研發、軟課題研究、科技期刊等工作；五是實行政策引導，積極探索具有條件的全國學會在本領域開展與科技相關的平價、咨詢和認證等工作；六是支持中國科協參與科技部等三部委組織開展的“技術創新引導工程”的相關工作。
中國科協對落實《會商紀要》中的各項工作高度重視，為此科協共召開了四次會議，具體研究落實工作。各部門、各單位主動加強與科技部的聯系和溝通，落實《會商紀要》工作取得了一定進展。 
11月，中國科協與科技部聯合下發了《關于加強縣(市)科技工作和科普事業發展的指導意見》；由中國科協牽頭組織，教育部、中國科學院參加建設的“國家科技基礎條件平臺建設項目”——中國數字科技館項目進展順利，12月已正式面向公眾開通試運行；中國科協與科技部合作開展中國科技人力資源研究、科技工作者狀況調查和科技工作者的社會公眾形象調查等課題研究，發揮了積極作用；中國科協參與“技術創新引導工程”的相關工作取得積極進展，如“講創新、比貢獻”競賽活動在各地引起強烈反響。
宋南平在會上指出，抓好《會商紀要》的落實工作，是中國科協的一件大事，對中國科協事業發展具有深遠意義。各部門、各單位要認真貫徹落實黨組、書記處的指示精神，搞好2006年的工作總結，查找存在的問題和不足，研究2007年工作思路，爭取取得更大的成績。計劃財務部作為這項工作的聯絡和協調部門，要積極主動加強與科技部有關部門的聯系，做好組織、協調和服務工作。