經過“十五”期間的快速發展，我國綜合交通體系在設施總量規模、運輸能力供給和服務質量等方面取得了較大成就。交通運輸已開始進入各種運輸方式協調發展，能力擴張與質量提高并進，全面建設現代綜合交通體系的新發展階段。但從適應經濟發展要求、促進社會進步和改善人民生活質量來衡量，仍有相當差距。 
   “十一五”期間，我國綜合交通體系發展的基本思路是：堅持以發展為主題，全面提升綜合交通體系有效供給能力和服務水平。堅持以改革促發展，突出抓好鐵路體制創新和機制創新,建立綜合交通運輸管理部門，完善監管制度，推進運輸市場化進程，促進交通運輸大發展；堅持效率優先，兼顧公平，突出抓好綜合運輸大通道的建設，進一步健全財政性資金管理和使用制度，加大落后地區和農村交通的政策扶持力度，促進協調發展；堅持以科技應用創新為動力，加快信息化和智能化建設，提升運輸質量和服務水平，推進交通增長方式的轉變。堅持新建和改擴建相結合，解決網絡結構的層次性矛盾，全面提高運輸的機動性和通達性。
   “十一五”期間，我國綜合交通體系發展的階段目標是：通過大力發展與深化改革，使綜合交通網絡規模大幅擴展，結構進一步調整，公平與效率充分兼顧；管理體制獲得創新，運輸服務水平明顯提高，交通安全得到有效保障；初步形成布局更合理、結構更完善、能力更充分、質量更可靠的綜合交通體系；有效緩解運輸緊張狀況，基本適應經濟社會發展要求。
   按照這一階段目標要求，我國綜合交通運輸建設的重點是：加快鐵路的建設速度和擴大規模，加強能源運輸大通道，集裝箱運輸系統的建設；在大的經濟圈間注重建設結構合理的運輸大通道，擴大運輸能力，特別是城市群間快速旅客運輸專線的建設；在經濟圈內要加強城際快速軌道交通系統的建設；要重視與東南亞、東北亞和中亞地區的地面交通建設；要認真解決大城市交通堵塞現象，重視城市軌道交通的建設；要重視農村交通的建設。同時，要加強交通樞紐和綜合交通信息網絡建設，構建現代化的智能交通系統。