近年來，我國電子商務應用初見成效，在傳統產業改造、促進國民經濟結構升級方面發揮一定作用，但與發達國家相比仍處在起步階段，難以滿足國民經濟發展和經濟全球化的迫切需要，電子商務政策環境亟需完善，應用水平亟待提高，正面臨著重要的戰略機遇與挑戰。當前，我國電子商務發展過程突出存在以下幾個主要問題：
   一、宏觀缺乏總體指導，微觀缺少系統規劃，電子商務整體上尚處于探索式的自由發展狀態
   從宏觀上講，我國尚未出臺國家電子商務的發展規劃，雖然國家發改委、商務部、科技部等部委從不同角度推進電子商務進程，在環境建設、對外交流、應用試點等方面取得了一定的成績，但是，我國電子商務在整體上尚處于探索式的自由發展狀態，市場行為有待進一步規范，整體應用水平有待進一步深化。
   從微觀上講，我國企業對未來信息化在企業發展中的戰略意義普遍認識不足，缺乏企業信息化長遠發展規劃，消極對待信息化與盲目冒進跟風式的發展信息化的兩個極端現象大量存在。另一方面，我國企業普遍尚未建立適應未來發展的現代企業制度，業務流程重組推行困難，信息化的潛在作用不能得到充分發揮。
   二、信用、認證、標準、現代物流、法律法規等支撐體系發展的滯后，已經成為制約我國電子商務發展的主要瓶頸
   我國尚未形成促進電子商務發展的有力支撐體系，包括信任、認證、標準、現代物流、法律法規等在內。商務部發布《中國電子商務報告（2003年）》從企業角度進行調查，結果顯示制約我國電子商務發展的障礙主要是外部環境的不成熟。重要性列前五位的因素中，環境因素占四個，分別是電子合同執行和監督難，傳統物流發展滯后，互聯網接入的安全性和保密性不足，電子商務相關法律不健全。相比較而言，反映企業內部能力的因素排名比較靠后，如資金問題、現有業務流程不合理的問題、互聯網接入和使用費用負擔過高的問題等等。
   由于基礎支撐體系的不完善，我國大多數企業的電子商務尚處于信息發布、收集、交流的階段。從事網上采購的企業僅占4.1%，能夠網上銷售的企業僅占3.4%，大多數訂單與合同的正式簽訂，以及支付、配送等活動主要還是在網下進行，電子商務的作用范圍變得十分有限。
   三、中小企業整體信息化水平低下，是制約我國電子商務發展的基礎問題
   我國大中小型企業有千萬家，其中99％是中小企業。由于中小企業基礎薄弱，普遍投入不足，使得這些企業既有信息化的迫切需求，但在資金、技術、人才、以及管理基礎等方面又難以承擔信息系統開發和運行的工作。因此，我國中小企業信息化整體水平低下，特別是傳統行業的小企業，信息化基本尚處于初級水平，我國電子商務的發展亟待強化整體基礎。
   四、我國電子商務的外向型程度亟需提高
   我國企業借助電子商務促進與國際接軌、參與國際競爭、開拓國際市場的能力亟需加強。我國電子商務距離實現“在更大范圍、更廣領域和更高層次上參與國際經濟技術合作和競爭，充分利用國際國內兩個市場、兩種資源、優化資源配置、拓展發展空間”的戰略目標，還有很大差距。