北京市通過科技管理改革，充分利用科技經費、政策的“指揮棒”作用，按照市場機制組合資源與人才，充分調動創新要素的創新潛能，積極探索自主創新的新機制和新模式，開拓了多種機制相繼涌現，以企業為主體的產學研合作空前活躍的新局面。比較典型的有以下十種：
   一、以企業為龍頭的新型產學研合作機制
   對企業牽頭，院所參與合作的項目優先予以立項，并給予較大力度的資金支持。企業按照自主創新的要求邀請院校合作，實現了創新資源向企業的集聚與流動，并由此產生多項重大創新成果。
   二、支持大企業做大做強
   加大對大企業科研開發的支持力度。先后支持了京東方、首鋼、燕山石化、中芯微電子等一批大企業，有力地提升了這些大企業的自主創新能力。
   三、建設市場化的首都科技條件平臺
   建設市場化的首都科技條件平臺，以企業為經營主體，依托院校的科技條件資源，為更多中小企業提供便利可靠、成本低廉的試驗、測試、咨詢等方面的服務，實現資源共享、信息共享、成果共享和條件共享。
   四、加快大學科技園和專業孵化器建設
   北京地區共創建大學科技園14家，北京市科技企業孵化器總數達70家。2002至2005年累計認定成果轉化項目700多項，累計落實財政專項資金累計達1.4億元。為中小企業的發展和科技成果轉化營造了良好的環境。
   五、“以大帶小”模式
   以大型骨干企業為核心，按照產業鏈和技術鏈分工，帶動中小企業共同提升創新能力，建立有機和諧的“企業生態系統”，形成互動共贏的組合式發展格局。
   六、“企業標準聯盟”模式
   “以聯合就是力量，標準就是紐帶”為理念，支持企業建立基于標準的產業聯盟。聯盟企業以建立共同遵循的產品標準為前提，實行共進退、共對外和共贏利的原則，開展基于標準的合作。這種產業聯盟使企業的能量迅速擴大，是提升企業自主創新能力的有效模式。
   七、“科技資源招商”模式
   充分利用北京人才、成果、信息等優勢科技資源，創造良好的條件，以資本為紐帶，吸納京外優質企業資本與北京優勢院所組合新的經濟實體，增強了北京地區科技競爭實力。
   八、利用院所、大學的科研優勢，開展產業前沿技術攻關
   由院所、大學負責前沿技術的研究，由企業負責產業化，充分發揮每一項科研成果的潛力，為院所、大學和產業帶來巨大的推動力。
   九、科技服務新農村建設
   以企業為主體，以市場為導向，以科技為動力，以實現農業產業化、農民增收為目標，服務新農村建設，實現科技為新農村建設創造財富，為新農村建設提供科技支撐。
   十、以大項目為粘合劑組織高水平聯合攻關
   組織重大科技項目，充分將各種優勢資源組織起來，按照一個大目標實現“強強”合作，集體攻關。這種模式解決了長期以來條塊分割的影響，以及科研項目在一定程度上存在著分散、規模偏小、項目之間缺乏聯性等問題。